Вот простое решение :
- 1. Создаём пустой проект. Называем его Repackage к примеру.
2. Импортируем в него любой пакадж, который хотим упорядочить.
3. Распределяем ассеты по папкам в этом пустом проекте.
4. Экспортируем пакадж заново. Уже в упорядоченном виде.
5. Убиваем все ассеты в проекте и сохраняем его девственно чистым для дальнейшего переиспользования.
6. Вновь созданный паккадж импортируем в наш чистый и правильный проект.