Юнити не батчит все объекты в одну меш, она создает меш с подмешами по числу объектов.
Хитрость в том, что обычный рендер считает меш с любым количеством подмешей одним объектом и обрабатывает только один раз, а теневой рендер обрабатывает каждую подмеш, увеличивая число draw calls пропорционально попавшемуся теневому рендеру количеству объектов. При сложных многопроходных тенях количество draw calls увеличивается еще больше.
Не факт, что батчинг в unity плохой. Фруструм камеры обычно большой и часто рендерит весь отбатченный объект, а теневой рендер обрабатывает небольшую зону. Плюс средний материал обрабатывается камерой за 1 проход, а сложные тени требуют несколько проходов.
Имхо, если специально не заморачиваться с объединением объектов и геометрией сцены, то стандартный батчинг лучше.