Если вы нигде не сохраняете свои настройки, они
никак не могут "запомниться" сами собой.
QualityLevel зависит от настроек Edit->ProjectSettings->Player
Физика Edit->ProjectSettings->Physics
Нигде и ни при каких условиях, ни один броузер их не сохранит и не перезапишет. Только ваш собственный код или обрывки чужого кода могут это сделать через PlayerPrefs, как упомянуто выше.
Опишите шаг за шагом ситуацию и ваши действия. Дайте дему, проверить ваше утверждение.