Если я правильно понял, в ПРО версии с этим проще, а вот в Индюхе я как то никак не придумаю, как бы мне проще создавать версии проекта, для более удобного отката. Мне уже пришлось один раз откатиться назад из-за ненароком удаленного префаба и я использовал TimeMaschine (систему бэкапа МакОС Х), но это не лучший выход. Во второй раз пришлось переписать префаб заново. Так было проще. Это тоже не выход...
Каждый раз сохранять проект под новым именем? Но это повлечет полное копирование ресурсов и даже маленький проект превратится в гигабайты версий.
Хм... Ищем.