Unity 3.1 (3.0) в отличие от Unity 2.6:
1.При использовании формата DDS в виде Нормал-Мапа текстура не работает как положено.
2. Встроенный в Unity режим конвертации других форматов в Нормал-Мап не сохраняет альфаканал, хотя в некоторых материалах он и используется.