Да дело тут не в Юнити. А другие RTS думаешь все на специально заточенных под RTS движках делались?
Нет ... Значит, не в Юньке дело, а в
А значит нужно изучать тему, искать новые решения для себя, более оптимальные и продуманные алгоритмы ...
Например для начала предложу такой вариант для оптимизации выбора видимых объектов: разбить карту на квадраты, для каждого юнита всегда должен быть определен квадрат в котором он находится, тогда можно будет по простому условию отбрасывать большую часть объектов.
Но и этого может быть не достаточно!
Тогда можно сделать объекты менеджеры, которые будут содержать всегда актуальный список юнитов в данном квадрате ...
Для мобильников наверно обязательно будет сократить число юнитов одновременно ищущих цель, выделить это в корутины, как уже советовали и пусть юниты записываются в очередь на поиск цели ...
А дальше, можно использовать другие пути сокращения вычислений, быстрый выбор цели юнитом, того юнита, которым он был атакован, взять туже цель что и у соседа и тд