То, что в Юнити нет такой жесткой структуры для скриптов, это не есть минус, как вы читаете, а есть огромный плюс!
Жаль конечно профессионалов, которые от этого теряются. Я тоже долго пытался понять примерно тоже, что и вы описываете, но Юнити все равно заставит спуститься с небес на землю, как только дойдете до линейной алгебры, физики и тд.
Наверное лучше сначало сделать от начала и до конца (до "готово" ), чтото небольшое и простое. На основе этого сформируется понимание правильной структуры скриптов для Юнити. А потом мы ждем от вас статью на тему "Архитектура игр на Unity"
ИМХО для начала можно представить такую "бизнес-модель":
- 3D движок, (это нам дает Юнити, движок полностью отделен от логики)
- логическая часть, (это наша часть работы )
- ресурсы.