Жаль конечно профессионалов, которые от этого теряются. Я тоже долго пытался понять примерно тоже, что и вы описываете, но Юнити все равно заставит спуститься с небес на землю, как только дойдете до линейной алгебры, физики и тд.
Наверное лучше сначало сделать от начала и до конца (до "готово"
), чтото небольшое и простое. На основе этого сформируется понимание правильной структуры скриптов для Юнити. А потом мы ждем от вас статью на тему "Архитектура игр на Unity" 
ИМХО для начала можно представить такую "бизнес-модель":
- 3D движок, (это нам дает Юнити, движок полностью отделен от логики)
- логическая часть, (это наша часть работы
)- ресурсы.
