Блин, на HGE (если кто не знает, простой 2d граф. движок на direct3d 8, C++) накидал этот же пример, выводится без проблем без всяких POT, как есть. И без сдвигов на пол-пикселя. Пойду пороюсь в сырцах hge. Хотя что это даст - Юнити не даст порыться в кишках.
Насчёт гуи и 2д - слой никак нельзя изменить, чтобы текстуру вывести позади всего? В этом проекте очень обломно приводить большие текстуры к POT, очень.