Накодил всё-таки!
Все проблемы в импорте и построении префаба.
Т.е. Получается это и был его центр(внутренний)! Даже если повороты объекта работают правильно и оси при наведении на префаб идут от центра - это не означает, что функция будет работать как надо.
Я так понимаю она считает на более глубоком уровне.
Решил проблему просто: не стал заморачиваться с импортом, а сделал пустышку в префабе и назвал её Center!!!
Используется csharp
Vector3 decoy_Nposition = camera.WorldToScreenPoint(GameObject.Find("Ship/Center").transform.position);