Если взять стандатный материал c настройкой Cutout, добавить объект с этим материалом в AssetBundle, то при загрузке из банкдла Cutout не будет работать! То есть объект будет показываться как Opaque.
Загруженный материал показывается нормально на нем выводится Cutout. Если в проекте заменить этот материал на старый (который и паковался), то модель отображается нормально.
Во FrameDebugger разница между исходным и загруженным в бандл шейдеров только Shader KeyWord:
_ALPHATEST_ON
(у исходного он есть).
Такая фигня еще наблюдается не во всех проектах.