Консольное приложение на родном сетевом решении (RakNet 3.7 в Юнити) сделать нельзя - ведь необходимо запустить ядро Unity а к нему нет доступа с консольных апликух. Но есть режим -nographics (о котором уважаемый, но поспешный оратор Бородила, ничего не знает), позволяющий запускать
Unity приложение без графической части (как ясно видно из названия флага).
В этом режиме, 1000 клиентов совершенно достижимый порог. Если не перемудрить с серверной стороной, конечно.