В чем смысл делать это не в обычном префабе, а в fbx?
Весьма примечательный вопрос, который показывает полное незнание процесса создания игры на Юнити. fbx - это формат моделей экспортированных из программ трехмерного моделирования. Смысл делать их а не префабы в том, что это (имхо) наиболее правильный метод перенести свою модель (созданную, например, в Максе) в Юнити. Можно, конечно, все сохранять в формате Макса и пусть сам Юнити преобразовывает как ему надо. Однако что Вы будете делать, если тот человек, которому Вы передаете свою работу, имеет не Макс, а Майку? Он Ваши модели не сможет поместить в Юнити!
Как сделать такой fbx?
Читаем мануал:
ImportObjectMaxи учимся работать в программах моделирования.
Как добавить, удалить, достать GameObject и модели из fbx?
Импортировать fbx в программу моделирования и делать там с ней что хочешь.
Редактировать можно в "Project'e"
fbx файл в Project редактировать практически нельзя. Чуток можно изменить некоторые параметры (например масштаб).