Сделать что-то из-за чего он потеряет связь с префабом, например добавить компонент. Затем, естественно, его удалить. Вопрос - зачем это делать специально?
Да я и не думал их делать, я нажимал Ctrl+D и все, я не делал префабов. Я делал GameObject, потом делал нужные объекты дочерними этого GO. И потом дублировал.
Моя жизнь, как плохой сюжет, но графа, графа-то!!!!