У NavMesh Agent есть своя обработка коллизии и 2 одинаковых агента колизят друг с другом,
даже если в ProjectSettings -> Physics убрать коллизию по слоям, потому что они не используют для этого сам коллайдер, даже если его выключить, агент не упадет под землю...
Вопрос в том как убрать коллизию между агентами