Можно ли после загрузки бандлов обращаться из скриптов бандла к объектам и скриптам основной сцены
Можно, это полноценные скрипты с сохраненными внутренними данными. В методе Start() скрипта бандла ищем и прописывам все не входящие в бандл объекты.
И еще - если необходимо удалить загруженный бандл обязательно ли делать unload и куда бандл загружается.
Делать необязательно, но если не писать unload или делать unload(false), то память будет захламливаться, даже при выгрузке и загрузке одного бандла. Бандл как я понимаю, хранит только ссылки на ресурсы, т.е. командовать ресурсам выгрузится\загрузиться может, но при уничтожении ресурсы не удаляет.
можно загружать на сцену только один объект из бандлов командой load.
Нет, сколько объектов бандл запаковано, столько и можно загрузить.